أُنشئت أمانة الشئون العلمية بموجب قانون جامعة شندي لعام 1995م وتُعني أمانة الشؤون العلمية بتنظيم وتطوير الشؤون العلمية بالجامعة وتعتبر الذراع الرئيس لتنفيذ أهداف الجامعة العلمية ومتابعة نظامها الأكاديمي وقرارات مجالسها العلمية المختلفة. وتؤدي أمانة الشؤون العلمية مهامها بالتنسيق المباشر مع الكليات والمراكز العلمية المختلفة بالجامعة لضمان جودة وحسن إدارة شئون الجامعة العلمية وما يتصل بها من مهام ضرورية وحاكمة تضمن المخرجات المستهدفة في كل المجالات.
